Das von Kardinal König gegründete Afro Asiatische Institut im 9. Wiener Gemeindebezirk ist seit über 50 Jahren Treffpunkt für Menschen unterschiedlicher Kulturen und Religionen. In den Räumlichkeiten des Bildungshauses befindet sich seit 1961 auch der erste öffentliche muslimische Gebetsraum Wien. 

Um den Bestand dieses Gebetsraumes in unmittelbarer Nähe zahlreicher universitärer Einrichtungen zu gewährleisten und somit muslimischen Student*innen und Dozent*innen auch zukünftig die Möglichkeit zu bieten, ihre Gebete während des Universitätsalltags in der Gemeinschaft zu verrichten, ging die IGGÖ im Jahr 2017 eine Kooperationsvereinbarung mit der Erzdiözese Wien ein. Sie übernimmt seither die alleinige Leitung und Verwaltung des Gebetsraumes und des im Großen Saal des AAI stattfindenden Freitagsgebets sowie die damit einhergehenden Betriebs- und Verwaltungskosten. 

Diese Kooperationsvereinbarung wurde im Jänner 2022 verlängert und Religionspädagoge Ermin Sehić mit der religiösen Betreuung dieser so wichtigen Institution betraut. Seither erfuhr auch die Einbindung der IGGÖ in das Veranstaltungsprogramm des AAI einen Aufschwung. So fanden beispielsweise ein gemeinsam mit Geflüchteten und Flüchtlingshelfer*innen gestaltete Themenabend im Rahmen der Aktionswoche der IGGÖ 2022 oder ein Vortrag zur Ursachenanalyse von Konflikten anlässlich der Srebrenica Gedenkwoche statt. Darüber hinaus wurde im Jahr 2022 eine neue Tradition des interreligiösen Fastenbrechen am AAI im Ramadan für Vertreter*innen von Studentenvereinigungen, Dozent*innen, Kirchen und Religionsgemeinschaften sowie Vertreter*innen des Hauses durch die IGGÖ eingeführt.