Seit der Angelobung der Österreichischen Bundesregierung im Jänner 2020 hat die IGGÖ mehrfach ihre Kooperationsbereitschaft bei der Bekämpfung jeglicher Form des Extremismus zugesichert und ihre Expertise bei der Auseinandersetzung mit Phänomenen, die einen islamisch-religiösen Hintergrund aufweisen, angeboten. Auch die Stelle, die ursprünglich im Regierungsprogramm vorgesehen war und Antisemitismus, religiös motivierten politischen Extremismus und Rassismus beobachten sollte, wurde von der IGGÖ begrüßt und ihre Mitarbeit angeboten. Die IGGÖ hat sich der Bundesregierung daher mit all ihren Ressourcen zur Verfügung gestellt. Bedauerlicherweise wurde dieses Angebot von den politischen Verantwortungsträger*innen konsequent ignoriert bzw. ausgeschlagen. Stattdessen wurde die IGGÖ von der Planung der Dokumentationsstelle vollends ausgeschlossen.  

Aufgrund dieser gewählten Vorgangsweise, der Beschränkung auf die Auseinandersetzung mit dem sogenannten „Politischen Islam“, der im deutschsprachigen Raum und speziell durch politische Akteur*innen als populistischer Kampfbegriff verwendet wird, sowie die Auswahl der in den Gremien des Fonds eingebundenen Personen, bei denen zum Teil persönliche Befindlichkeiten gegenüber die IGGÖ mitschwingen, die eine objektive Arbeit unmöglich erscheinen lassen, steht die IGGÖ der Zusammenarbeit mit der Dokumentationsstelle ablehnend gegenüber.  

Diese Ablehnung wurde auch durch die seither gelieferte Arbeit der Dokumentationsstelle und die enge Verflechtung mit der Bundesregierung weiter genährt, denn diese negieren die seit der Novellierung des Islamgesetzes im Jahr 2015 innerhalb der IGGÖ angestoßenen Reformprozesse vollends, was sich beispielsweise im gewählten zeitlichen Untersuchungsrahmen der Grundlagenpapiere der Dokumentationsstelle zeigt. Der IGGÖ, einer staatlich anerkannten Religionsgesellschaft, wird darüber hinaus vonseiten der im wissenschaftlichen Beirat Tätigen konstant unterstellt, eine verborgene Agenda zu verfolgen. Dieser Vorwurf stilisiert die IGGÖ und die österreichische Gesellschaft zu Gegenpolen und konterkariert das Ziel, Muslim*innen dabei zu unterstützen, als Teil der österreichischen Gesellschaft wahrgenommen zu werden. 

Die seit Gründung der Dokumentationsstelle bestehende Befürchtung der IGGÖ einer politischen Einflussnahme und Instrumentalisierung der Wissenschaft hat sich bislang bestätigt. Unter anderem war dies bei der Präsentation der sogenannten „Islamlandkarte“ deutlich zu erkennen. Dieses bereits 2012 ins Leben gerufene und umstrittene Projekt in die Arbeit einer Institution, die vorgibt, sich auf wissenschaftlicher Basis und ohne politische Einflussnahme mit Extremismus und Radikalisierung auseinandersetzen zu wollen, zu integrieren, war höchst problematisch. Nicht ohne Grund hat die Universität Wien die Verwendung ihres Logos auf der Webseite untersagt. Die Veröffentlichung der Daten von Moscheen und muslimischen Vereinen und Organisationen im Kontext der Arbeit der Dokumentationsstelle hat damit ein akutes Sicherheitsrisiko für die betroffenen Einrichtungen hervorgerufen und eine Verdachtskultur genährt, wie zahlreiche Übergriffe auf Moscheen und ihre Mitglieder durch rechtsextreme Gruppierungen wie die Identitäre Bewegung Österreich (IBO) gezeigt haben. 

Um eine etwaige zukünftige Kooperation zu ermöglichen, wäre die institutionelle und politische Verortung der Dokumentationsstelle gänzlich und glaubhaft zu überarbeiten, um eine tatsächlich unabhängige Forschungsarbeit gewährleisten zu können. 

Demgegenüber hat sich der grüne Koalitionspartner angesichts der Vorkommnisse veranlasst gesehen, einen runden Tisch mit Vertreter*innen der muslimischen Communities ins Leben zu rufen, um einen Dialog auf Augenhöhe zu initiieren.